#!/bin/ksh ################################################################### # # # Script ksh pour lancer un calcul Gaussian en batch # # Auteur: A-R Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr # # LASIM, Villeurbanne # # Ecriture : September 2004 # # # ################################################################### jobtime=$1 ; [ 0 = $# ] || shift filename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift if [ -z "$filename" ] || [ -z "$jobtime" ] then clear echo " " echo "===========================================" echo " submitGaussian " echo " Pour toutes questions contacter : " echo " A.R. Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr" echo "===========================================" echo "vous devez fournir :" echo " - le temps de calcul( hh:mm:ss)" echo " - le nom du fichier(y compris l'extension .com)" echo "-------------------------------------------" echo "Exemple:" echo " submitGaussian 2:00:00 h2.com " echo " fichier de donnees : h2.com" echo " Temps de calcul(maximum) : 2 heurs" echo "===========================================" echo " " exit 1 fi filecom=$filename filename=${filecom%.com} DEFAULTDIR=`pwd` g98root=/data/logiciels/Gaussian if test ! -s "$filecom" then echo " " echo "============================================" echo "le fichier $filecom est introuvable(ou vide)" echo "============================================" echo " " exit 2 fi endof=EOF cat > $filename.pbs <<EOF #!/bin/sh #PBS -j oe #PBS -N $filename #PBS -l walltime=$jobtime #PBS -o $filename.pbsout g98root=/data/logiciels/Gaussian export g98root PGI=/data/logiciels/PGI export PGI mkdir /tmp/$LOGNAME mkdir /tmp/$LOGNAME/$filename GAUSS_SCRDIR=/tmp/$LOGNAME/$filename export GAUSS_SCRDIR . /data/logiciels/Gaussian/g98/bsd/g98.profile cd $DEFAULTDIR /data/logiciels/Gaussian/g98/g98 "$DEFAULTDIR/$filecom" EOF qsub $filename.pbs echo " " echo "===================================================================" echo " " echo "Un fichier $filename.pbs a ete cree pour lancer le calcul" echo "Ne pas effacer ce fichier avant la fin du calcul" echo " " echo "-------------------------------------------------------------------" echo " " echo "pour avoir des informations sur vos job taper : qstat " echo " " echo "pour detruire un job taper : qdel num.master0.alin" echo " num.master0.alin est le Job Id fourni par qstat" echo " " echo "===================================================================" echo " "